1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水，美国则遇到有史以来最寒冷的冬天，日本则突降大雪。数码宝贝们开始拯救这个世界。